杨朝飞认为政府一纸命令关停污染企业并不能从根本上治理污染问题。
近日，广西贺江铊镉水污染事件，正在引发下游广东省对于用水的担忧。据中国新闻网报导，污染源基本锁定为上游沿岸冶炼、选矿企业，当地政府已将112家沿岸的非法采矿企业关停并进行取样。贺州市副市长闭海东指出，政府早前已对相关企业进行多次整治，但屡禁不止。
强制性关停污染企业，是地方政府应对公众投诉及突发污染事件时的常用手段。
北京市在2012年年关停了200家“两高”企业（高污染、高耗能行业企业），今年计划再关停200余家；山西太原在今年上半年已关停了118家环境违法企业。被关停企业集中在建材、化工、铸造、电镀等行业。这些行业的确是污染和排放的常见主体，集中关停对短期内的环境改善具有正面作用。
但中国环境科学学会副理事长、环保部原总工程师杨朝飞认为，单纯利用行政措施关停污染企业并未能有效解决环境问题，如何帮助企业顺利退出或转行才是关键。
杨朝飞对中外对话说，“在民众的怨声下，很多时候，政府在关停企业之前根本没有考虑到企业的实际情况，比如是否经过政府审批的合法企业，企业自身的投资等。”
当企业违反环保法规后，是否应当允许其继续经营，这并不是一个简单的问题。许多企业处于政策前后不一和自相矛盾的困境，一些行业因得到地方性政策鼓励而大为兴起，但随后政府却缺乏有效的环境监督，企业最后不得不面临被迫关停的窘境。
去年山东省一环保局副局长被袭击事件，便是企业走投无路的典型例子。行凶者曾经营一家非法炼铁作坊，一年前被当地环保局副局长带队查封，作坊被关一年后，他闯入副局长办公室连刺6刀后逃离，副局长重伤。该商户在法庭上说：“他不让我活，我也不让他活了。”
杨朝飞说，环境需要得到保护，但投资者的利益也不能被漠视。对于污染企业的管理，无论合法非法，政府都应付起责任，“地方政府不能开始时为了抓GDP，鼓励企业上马后，又因为污染事件爆发，要求企业一晚关停。”
他提议，政府应该制定污染企业淘汰计划，调查企业背景，并与问题企业的业主面谈，商议解决方案。对于有条件升级或转行的企业，政府应该提供技术帮助及相关的优惠政策。
如果必须关停，应提前通知业主，并得到其同意；对于合法企业，政府应该按职工、土地和设备给予赔偿；即便是非法企业，也应该给予时间作退出的准备。
虽然污染企业被关停是否应该得到补偿这一观点值得商榷，但企业建设要与当地产业发展相结合无疑是至关重要的。2013年大连市东港区即将完成的石材加工企业整体搬迁计划，恰是这一思路的体现。这里的石材企业普遍规模小、环境污染较重，特别是其聚集区紧邻市区主水源地——日照水库，对水源地存在污染隐患。区政府通过跟当地石材企业的座谈会，成功说服全区190家企业签订转产、转业或自行关停协议；针对无能力转移的商户，区政府拨款2800万元作为补助。
